Có một số đoạn văn khiến người ta cho rằng Vaughan, giống như người anh em Thomas của mình, đã cầm vũ khí phò vua trong cuộc Nội chiến. Đoạn quan trọng nhất nằm trong bài thơ Gửi ông Ridsley (tập ii., tr. 83), nơi ông nhắc đến thời điểm

"khi cái vận mệnh xoay vần đầy mưu chước

Của chốn binh đao lần đầu bắt giữ lấy ta."

Trong cùng bài thơ ấy, ông còn nhắc đến

"ngày ấy, khi chúng ta

Rời bỏ Beeston hiểm trở và dòng Dee tử biệt."

"Beeston hiểm trở" rõ ràng chính là Lâu đài Beeston, một trong những đồn lũy ngoại vi của Chester, tọa lạc trên một vách đá hiểm trở không cách quá xa về phía đông sông Dee. Lâu đài này đã bị vây hãm trong nhiều dịp suốt thời kỳ Nội chiến, đặc biệt là trong chiến dịch năm 1645, khi Chester cũng bị lực lượng của Nghị viện bao vây.[12] Nằm giữa Beeston và sông Dee là chiến trường Rowton Heath, diễn ra vào ngày 24 tháng 9 năm 1645, sau trận chiến này, vua Charles đ الأولى — người từng nuôi hy vọng giải tỏa vòng vây ở Chester — buộc phải rút lui về Denbigh.[13] Những câu thơ sau đây trích từ bài Điếu văn gửi ông R. W. của Vaughan (tập ii., tr. 79), người đã ngã xuống trong trận đánh đó, dường như được viết bởi một nhân chứng sống:

"Ồ ngày hôm ấy

Khi mà tựa những bậc tiền nhân trong lửa và mây

Ta tìm hoài gương mặt ấy mà không thấy! Ta có thể thấy trong mọi đám đông

Những cánh tay như của người, và những tráng sĩ tiến lên, nhưng chẳng một bóng hình nào

Chuyển động gần sát với ánh chớp, hay lao vào ác liệt đến thế.

Các người đã từng quan tâm chưa, khi con mắt lanh lẹ

Mang sự vật đến với tâm trí, và tranh đua sự thể hiện

Với tâm hồn đến độ các người có thể thề thọc rằng

Cả hành động lẫn nhận thức đều ngự trị ở đó?

Y hệt như thế, người chuyển động: cánh tay hoạt bát tựa phát đạn

Đã vung gươm gieo rắc máu tơi bời, khi kẻ thù còn chưa kịp hiểu rõ.

Nhưng ở nơi đây ta đã mất người."

Điều này đối với tôi dường như là một bằng chứng khá thuyết phục; tuy nhiên, đối lập lại với nó phải kể đến đoạn văn viết về cuộc Nội chiến trong bài thơ tự truyện Gửi hậu thế (tập ii., tr. 51).

Vixi, divisos cum fregerat haeresis Anglos

Inter Tysiphonas presbyteri et populi.

His primum miseris per amoena furentibus arva

Prostravit sanctam vilis avena rosam.

Turbarunt fontes, et fusis pax perit undis,

Moestaque coelestes obruit umbra dies.

Duret ut integritas tamen, et pia gloria, partem

Me nullam in tanta strage fuisse, scias;

Credidimus nempe insonti vocem esse cruori,

Et vires quae post funera firme docent.

Hinc castae, fidaeque pati me more parentis

Commonui, et lachrimis fata levare meis;

Hinc nusquam horrendis violavi sacra procellis,

Nec mihi mens unquam, nec manus atra fuit.

Cách giải thích hợp lý nhất cho đoạn này chắc chắn là Vaughan không hề nhúng tay vào những biến động thời đại của mình, ngoại trừ việc đau xót cho chúng trong cảnh ẩn dật. Dẫu vậy, thứ nhất, những câu thơ ấy có thể được viết trước khi ông cầm vũ khí vào năm 1645, và thứ hai, chúng chỉ ngụ ý rằng ông không góp phần gây ra những rối ren ở nước Anh, hay nhúng tay vào việc đổ máu vô tội. Tương tự như vậy, khi ở những nơi khác, chẳng hạn trong bài Máu của Abel (tập i., tr. 254), và trong lời cầu nguyện sẽ được dẫn lại dưới đây, ông bày tỏ sự kinh hãi trước tội ác đổ máu, điều này không nhất thiết phải được hiểu là bao gồm cả những ai chiến đấu vì một chính nghĩa.

Tôi xin bổ sung rằng, cô Morgan gợi ý rằng Vaughan có mặt tại Rowton Heath không phải với tư cách chiến binh, mà là một thầy thuốc. Miêu tả của ông về trận chiến đọc lên giống như góc nhìn của một người quan sát từ một đài quan sát cao nào đó chứ không trực tiếp tham gia chiến đấu. Tôi cho rằng không loại trừ khả năng Vaughan từng là một thành viên trong lực lượng đồn trú tại Lâu đài Beeston — nơi được miêu tả với tôi như "một thứ khán đài tuyệt đẹp để quan sát chiến trường." Lâu đài Beeston đã bị phe Nghị viện bao vây vào khoảng tháng 9 năm 1645. Khi quân đội của Charles tiến đến, lực lượng phòng thủ đã rút lui về Chester vào ngày 19 tháng 9.[14] Chắc chắn vua Charles đã chớp lấy cơ hội này để củng cố lực lượng đồn trú. Sau trận Rowton Heath, Lâu đài Beeston lại một lần nữa bị vây hãm, và đến ngày 16 tháng 11 thì đầu hàng. Lực lượng đồn trú được phép vượt sông Dee để rút về Denbigh. Tôi cho rằng chuyến hành quân mùa đông rời bỏ pháo đài thất thủ ấy chính là sự kiện được Vaughan miêu tả trong bài thơ gửi ông Ridsley. Khả năng Vaughan tham gia chiến dịch năm 1645 này càng lớn hơn bởi lực lượng của Charles phần lớn được tuyển mộ từ xứ Wales. Sau trận Naseby vào ngày 14 tháng 6, nhà vua đã hành quân qua xứ Wales, thu dung bất cứ lực lượng tân binh nào có thể. Ông đã có mặt ở Brecon vào ngày 5 tháng 8.[15] Rất có thể Vaughan — người có họ hàng là Tướng Sir William Vaughan đang chỉ huy một lữ đoàn — đã tòng quân tình nguyện trong dịp này. Từ Brecon, nhà vua hành quân qua các vùng Radnorshire, Shropshire, Staffordshire, Derbyshire, Nottinghamshire, Yorkshire, và cứ thế tiến về Oxford. Đến tháng 9, ông lại lên đường, và sau một thời gian chần chừ tại Hereford và Raglan, cuối cùng đã tiến thẳng về Chester.

Thậm chí người ta có thể suy đoán rằng Vaughan đang ám chỉ một dịp nào đó trong chiến dịch này khi ông gọi Tiến sĩ Powell là "bạn tù" của mình (tập ii., tr. 178). Vị thi sĩ thậm chí có thể chính là Đại úy Vaughan — người có tên trong danh sách chính thức các tù binh bị bắt tại Rowton Heath.[16] Tên của Powell không có ở đó, nhưng dẫu sao danh sách ấy cũng không tuyên bố là đầy đủ. Tuy nhiên, nhìn chung, tôi cho rằng Vaughan và Powell chỉ là bạn tù theo nghĩa của triết phang Platonic, tức là sự giam cầm trong thể xác; và dẫu cho có ý chỉ một sự giam cầm thực sự đi chăng nữa, thì điều đó cũng có thể là hệ quả từ những hành động bức hại mà Vaughan phải gánh chịu với tư cách là một người phò vua vào một thời điểm muộn hơn. Trong tác phẩm Ngọn núi Ô-liu (1652) có một bài Lời cầu nguyện trong cơn nghịch cảnh và khốn khó do kẻ thù gây ra (Grosart, vol. iii., tr. 75), nếu được xem xét — điều mà tôi cho là không nên — dưới góc độ tự truyện, thì dường như nó cho thấy rằng, ít nhất là trong một khoảng thời gian, ông đã mất hết cơ ngơi điền sản. Lời cầu nguyện ấy vang lên thế này: "Lạy Chúa, Ngài thấy đấy, kẻ thù của con thật hung hãn và bất dung biết bao: chúng chẳng những cướp đi phần tài sản và sinh kế mà Ngài đã rộng lòng ban phát cho con, mà chúng còn nhúng tay vào dòng máu của những người bạn con, của những họ hàng thân thiết và ruột thịt nhất của con. Lạy Chúa, con biết, và hằng ngày con vẫn được dạy dỗ bởi môn đồ mà Ngài hằng yêu mến, rằng không một kẻ sát nhân nào có sự sống đời đời ở lại trong hắn. Xin hãy gìn giữ con, lạy Chúa của con, khỏi tội ác đổ máu, và đừng để linh hồn con vấy bẩn bởi những ý nghĩ trả thù hay báo oán, bởi đó là đặc quyền cao cả thuộc về riêng Ngài và chỉ thuộc về Ngài mà thôi. Dẫu chúng có bách hại con cho đến chết, và thèm khát cả lớp bụi trên đầu những con dân nghèo khó của Ngài, dẫu chúng đã giật lấy miếng bánh trên miệng những đứa con của Ngài và biến con thành một kẻ điêu đứng; thế nhưng, lạy Chúa, xin ban cho con ân huệ của Ngài, cùng một tấm lòng bác ái đủ để tha thứ cho chúng một cách trọn vẹn."

Có lẽ chính vào khoảng thời gian khốn khó hay ngục tù ấy — nếu thực sự có ngục tù — vợ của Vaughan đã sống cùng Thomas Vaughan ở London, như sẽ được thấy rõ dưới đây.