Cuộc tháo chạy của quân đào ngũ Macedonia tới Ai Cập.—Hành động của Agis, Vua Sparta.—Alexander chiếm đóng Phoenicia.

Darius tháo chạy trong đêm cùng một vài tùy tùng; nhưng vào ban ngày, khi đi dọc đường, ông tập hợp những người Ba Tư và lính đánh thuê Hy Lạp đã thoát chết khỏi trận chiến, nâng tổng số quân dưới quyền mình lên 4.000 người. Sau đó, ông thực hiện một cuộc hành quân cưỡng bức về phía thành phố Thapsacus và sông Euphrates, nhằm sớm đưa con sông ấy làm lá chắn giữa bản thân và Alexander. Thế nhưng, Amyntas con trai của Antiochus, Thymondas con trai của Mentor, Aristomedes người Pherae và Bianor người Acarnania, tất cả đều là những kẻ đào ngũ, đã lập tức bỏ chạy khỏi vị trí được giao trong trận chiến cùng khoảng 8.000 binh lính dưới quyền. Băng qua các dãy núi, họ tới Tripolis ở Phoenicia. Tại đó, họ chiếm lấy những con tàu đã được kéo lên bờ, vốn là phương tiện họ từng dùng để di chuyển từ Lesbos trước đây; họ hạ thủy số tàu đủ để chở quân mình, còn lại đều đốt bỏ ngay tại bến cảng để kẻ thù không thể có phương tiện đuổi theo nhanh chóng. Họ trốn chạy trước tới Cyprus, rồi từ đó sang Ai Cập; tại đây, không lâu sau, Amyntas vì can thiệp vào các tranh chấp chính trị nên đã bị người bản địa giết chết.

Trong khi đó, Pharnabazus và Autophradates vẫn đang lưu lại gần Chios; sau khi thiết lập một đơn vị đồn trú trên hòn đảo này, họ phái một số tàu thuyền tới Cos và Halicarnassus, còn bản thân họ thì cùng 100 chiến thuyền tốt nhất ra khơi và đổ bộ lên Siphnus. Agis, vua của người Lacedaemon, cũng tìm tới chỗ họ trên một chiếc tàu ba tầng chèo, mục đích vừa là để xin tiền phục vụ chiến tranh, vừa thúc giục họ phái theo ông một lực lượng hải quân và bộ binh hùng hậu nhất có thể vào bán đảo Peloponnese. Đúng lúc đó, tin tức về trận chiến diễn ra tại Issus truyền tới tai họ; lo sợ trước thông tin này, Pharnabazus lập tức khởi hành về Chios cùng mười hai chiến thuyền và 1.500 lính đánh thuê Hy Lạp, vì e rằng người dân Chios có thể nổi loạn khi hay tin quân Ba Tư thất bại. Agis, sau khi nhận từ Autophradates ba mươi talent bạc và mười chiến thuyền, đã phái Hippias dẫn số tàu này tới chỗ em trai mình là Agesilaus tại Taenarum, đồng thời ra lệnh cho ông ta chỉ đạo Agesilaus chi trả đầy đủ tiền lương cho thủy thủ đoàn, rồi nhanh chóng giong buồm tới Crete để ổn định tình hình tại đó. Bản thân Agis ở lại giữa các hòn đảo một thời gian, nhưng sau đó đã hội quân với Autophradates tại Halicarnassus.

Alexander bổ nhiệm Menon, con trai của Cerdimmas, làm phó vương xứ Coele-Syria, giao cho ông ta đội kỵ binh đồng minh Hy Lạp để bảo vệ vùng đất này. Sau đó, chính ông thân chinh tiến về phía Phoenicia; trên đường hành quân, Strato, con trai của Gerostratus, vua xứ Aradus và dân cư vùng lân cận Aradus, đã tới yết kiến ông. Tuy nhiên, bản thân Gerostratus khi ấy vẫn đang phục vụ trong hạm đội cùng Autophradates, cũng như các vị vua khác của người Phoenicia và người Cyprus. Khi gặp Alexander, Strato đã đặt một chiếc vương miện vàng lên đầu ông, hứa sẽ dâng nộp cả hòn đảo Aradus và thành phố Marathus rộng lớn, thịnh vượng nằm trên đất liền đối diện với Aradus; đồng thời dâng nộp cả Sigon, thành phố Mariamme, cùng tất cả những nơi khác thuộc quyền cai trị của mình và cha mình.