Lúc này, đại diện từ cả Magnesia và Tralles đã đến gặp Alexander, bày tỏ ý định đầu hàng những thành bang này. Ông liền phái Parmenio tới đó, trao cho viên tướng này 2.500 bộ binh thuộc lực lượng viện binh Hy Lạp, cùng số lượng quân Macedonia tương đương và khoảng 200 kỵ binh thuộc lực lượng Bạn hữu. Ông cũng cử Lysimachus, con trai của Agathocles, cùng một lực lượng tương tự tới các thành bang Aeolic và những thành bang Ionic hiện vẫn còn nằm dưới sự kiểm soát của người Ba Tư. Lysimachus được lệnh phải xóa bỏ các chính quyền quả đầu ở khắp mọi nơi, thiết lập chính thể dân chủ, khôi phục quyền tự trị theo luật pháp riêng cho từng thành bang, và miễn trừ mọi khoản cống nạp mà trước đây họ vẫn phải đóng cho ngoại bang. Trong khi đó, bản thân Alexander ở lại Ephesus, nơi ông dâng lễ vật lên nữ thần Artemis và tổ chức một cuộc diễu binh vinh danh nữ thần với toàn bộ quân đội trong tư thế sẵn sàng chiến đấu.

Ngày hôm sau, ông tập hợp phần bộ binh còn lại, gồm lính cung thủ, người Agrianians, kỵ binh Thrace, cùng đội kỵ binh hoàng gia thuộc lực lượng Bạn hữu và ba đơn vị kỵ binh khác, rồi lên đường tiến về Miletus. Ngay trong đợt tấn công đầu tiên, ông đã chiếm được cái gọi là ngoại thành, vì quân đồn trú đã rút lui khỏi đó. Tại đây, ông hạ trại và quyết định phong tỏa nội thành; bởi lẽ Hegesistratus, viên tướng được vua Darius giao quyền chỉ huy đồn binh tại Miletus, trước đó đã liên tục gửi thư cho Alexander đề nghị dâng thành. Tuy nhiên, sau đó, khi thấy hạm đội Ba Tư không còn xa, gã lấy lại can đảm và quyết định giữ thành cho Darius. Nhưng Nicanor, chỉ huy hạm đội Hy Lạp, đã đi trước một bước khi tiến vào cảng Miletus ba ngày trước khi quân Ba Tư tới; với 160 chiến thuyền, ông đã neo đậu tại đảo Lade, nằm gần Miletus. Khi hạm đội Ba Tư đến nơi thì đã quá muộn, các đô đốc Ba Tư phát hiện Nicanor đã chiếm trước vị trí neo đậu tại Lade, nên họ đành phải thả neo gần núi Mycale. Alexander đã đi trước một bước trong việc chiếm đảo, không chỉ bằng cách đưa tàu chiến đến neo gần đó, mà còn bằng cách đưa quân Thrace và khoảng 4.000 quân viện binh khác lên đảo. Hạm đội của ngoại bang khi đó có khoảng 400 chiến thuyền.

Dù hạm đội Ba Tư chiếm ưu thế áp đảo, Parmenio vẫn khuyên Alexander nên giao chiến trên biển. Ông tin rằng hạm đội Hy Lạp sẽ giành chiến thắng, không chỉ vì những lý do khác mà đặc biệt là vì một điềm báo từ thần linh đã khiến ông vững tin vào kết quả này; đó là việc người ta nhìn thấy một con đại bàng đậu trên bờ biển, ngay đối diện phần đuôi tàu của Alexander. Parmenio còn lập luận rằng nếu thắng trận, họ sẽ gặt hái lợi thế lớn cho mục tiêu chính của cuộc chiến; còn nếu thua, thất bại đó cũng chẳng đáng là bao, vì dù sao thì quân Ba Tư vẫn đang làm chủ mặt biển. Ông còn ngỏ ý sẵn sàng đích thân lên tàu và chia sẻ hiểm nguy cùng các binh sĩ. Tuy nhiên, Alexander đáp rằng Parmenio đã sai lầm trong nhận định và giải thích điềm báo không dựa trên thực tế. Ông cho rằng thật liều lĩnh khi dùng một số ít chiến thuyền để đương đầu với một hạm đội vượt xa về số lượng, và dùng lực lượng hải quân còn thiếu kinh nghiệm của mình để đấu với hạm đội thiện chiến của người Cyprus và người Phoenicia. Hơn nữa, ông không muốn trao lợi thế mà người Macedonia có được nhờ kỹ năng và lòng dũng cảm vào tay ngoại bang trên một môi trường đầy biến động như biển cả; và nếu thất bại trong trận hải chiến, điều đó sẽ gây trở ngại không nhỏ đến thành công chung của cuộc chiến, không chỉ vì những lý do khác mà nhất là vì người Hy Lạp, khi được tiếp thêm dũng khí trước tin tức về thất bại của ông trên biển, sẽ nổi dậy chống đối. Cân nhắc kỹ lưỡng mọi khía cạnh, Alexander tuyên bố ông không nghĩ đây là thời điểm thích hợp để tiến hành hải chiến. Về phần mình, ông lý giải điềm báo thần linh theo cách khác. Ông thừa nhận con đại bàng là điềm lành cho mình, nhưng vì nó đậu trên đất liền, ông cho rằng đó là dấu hiệu báo trước việc ông sẽ giành quyền kiểm soát hạm đội Ba Tư bằng cách đánh bại quân đội của chúng trên đất liền.