Sự thất thủ của Thebes.

Tuy nhiên, Ptolemy, con trai của Lagus, kể lại rằng Perdiccas, người được bố trí trong đội tiền phong của trại cùng với lữ đoàn của chính mình, và vốn không cách xa hàng rào phòng thủ của kẻ địch bao nhiêu, đã không đợi lệnh từ Alexander để khai chiến. Thay vào đó, ông tự ý là người đầu tiên tấn công hàng rào, phá vỡ một đoạn rồi tràn vào đội tiền phong của người Thebes. Amyntas, con trai của Andromenes, vốn được đóng quân cùng Perdiccas, đã theo chân ông. Vị tướng này, khi thấy Perdiccas đã tiến được vào bên trong hàng rào, cũng tự ý dẫn lữ đoàn của mình xông lên. Thấy vậy, Alexander buộc phải dẫn phần còn lại của quân đội tiến vào, vì sợ rằng nếu không được hỗ trợ, họ có thể bị quân Thebes đánh chặn và lâm vào cảnh nguy khốn. Ông ra lệnh cho các cung thủ và quân Agriani xông vào bên trong hàng rào, nhưng vẫn giữ đội cận vệ và quân cầm khiên lại bên ngoài. Lúc ấy, Perdiccas, sau khi phá được vòng vây vào đến hàng rào thứ hai, đã bị một mũi lao đâm trúng và bị thương nặng; ông được đưa về trại trong tình trạng nguy kịch và phải rất khó khăn mới qua khỏi. Dù vậy, quân của Perdiccas cùng với lực lượng cung thủ do Alexander phái đến đã ập vào người Thebes, dồn họ vào con đường hẻm dẫn đến đền thờ Heracles và truy kích họ cho đến tận ngôi đền. Tại đó, người Thebes bất ngờ quay đầu lại, đồng thanh hô vang rồi phản công, khiến quân Macedonia phải tháo chạy. Eurybotas người Crete, chỉ huy đội cung thủ, đã tử trận cùng khoảng bảy mươi binh sĩ; những người còn lại tháo chạy về phía đội cận vệ và quân cầm khiên của nhà vua. Khi thấy quân mình đang rút chạy và quân Thebes vì mải đuổi theo mà hàng ngũ đã rối loạn, Alexander liền điều toàn bộ đội hình phalanx dàn trận chỉnh tề và đánh ngược trở lại, dồn đối phương lui vào trong cổng thành. Người Thebes hoảng loạn tháo chạy qua cổng vào thành, không còn kịp đóng cửa thành; quân Macedonia bám sát phía sau những kẻ bỏ chạy, thừa cơ tràn vào bên trong công sự, bởi lẽ lúc này các bức tường thành chẳng còn người phòng thủ do phần lớn quân đã tập trung ở tiền tuyến.

Khi quân Macedonia đã tiến vào Cadmea, một nhóm tách ra cùng với lực lượng giữ thành tiến về phía bên kia của thành phố, đối diện với đền thờ Amphion; trong khi đó, những nhóm khác men theo các bức tường thành – vốn đã rơi vào tay những kẻ vừa tràn vào cùng đoàn người rút chạy – rồi chạy thẳng ra khu chợ. Số quân Thebes dàn trận đối diện đền thờ Amphion chỉ trụ lại được một lúc ngắn; đến khi thấy quân của Alexander dưới quyền chỉ huy trực tiếp đang dồn ép tứ phía, kỵ binh của họ tháo chạy xuyên qua thành phố để ra ngoài bình nguyên, còn bộ binh thì mạnh ai nấy chạy tìm đường sống. Lúc bấy giờ, người Thebes không còn khả năng tự vệ nữa, họ bị tàn sát không chỉ bởi quân Macedonia mà còn bởi quân Phocis, quân Plataea và những người Boeotia khác – những kẻ đã trút cơn thịnh nộ lên họ bằng một cuộc thảm sát bừa bãi. Một số người bị tấn công ngay trong chính ngôi nhà của mình khi đang cố thủ, những kẻ khác thì bị giết hại ngay khi đang khẩn cầu sự che chở của thần linh trong các đền thờ; ngay cả phụ nữ và trẻ em cũng không được tha.