Alexander sau đó ra lệnh cho binh sĩ dùng bữa, và sau khi cử một vài kỵ binh cùng cung thủ tiến về phía Cổng để do thám con đường phía sau, ông dẫn toàn quân hành quân trong đêm để tái chiếm con đèo. Khoảng nửa đêm, khi đã làm chủ được đèo, ông cho quân nghỉ lại suốt phần đêm còn lại trên các mỏm đá, với những lính canh được cắt cử canh phòng nghiêm ngặt. Khi rạng đông vừa ló dạng, ông bắt đầu xuống đèo dọc theo con đường; chừng nào không gian còn hẹp, ông cho quân dàn hàng dọc, nhưng khi các ngọn núi mở ra tạo thành một đồng bằng, ông bắt đầu triển khai đội hình phalanx, nối tiếp nhau điều các đơn vị bộ binh vũ trang hạng nặng dàn hàng ngang về phía núi bên phải và phía biển bên trái.

Cho đến lúc này, kỵ binh vẫn đi sau bộ binh; nhưng khi tiến vào vùng đất trống, ông bắt đầu dàn quân thành đội hình chiến trận. Trước tiên, tại cánh phải gần ngọn núi, ông đặt đội cận vệ bộ binh và các lính khiên, dưới sự chỉ huy của Nicanor, con trai Parmenio; kế đó là trung đoàn của Coenus, và sát bên là trung đoàn của Perdiccas. Những đơn vị này được bố trí từ cánh phải vào đến tận trung tâm đội hình bộ binh hạng nặng. Ở cánh trái, hàng đầu là trung đoàn của Amyntas, tiếp đến là trung đoàn của Ptolemy, và sát đó là trung đoàn của Meleager. Lực lượng bộ binh bên cánh trái đặt dưới quyền chỉ huy của Craterus; tuy nhiên, Parmenio nắm quyền chỉ đạo tối cao toàn bộ cánh trái. Viên tướng này được lệnh không được rời bỏ phía biển, để tránh việc quân thù, vốn có ưu thế về quân số, có thể bao vây và đánh tạt sườn họ.

Ngay khi Darius biết tin Alexander đang tiến gần để giao chiến, ông cho khoảng 30.000 kỵ binh cùng 20.000 bộ binh nhẹ vượt sông Pinarus, nhằm mục đích dàn quân số còn lại một cách dễ dàng. Trong số bộ binh hạng nặng, trước tiên ông đặt 30.000 lính đánh thuê Hy Lạp để đối đầu với đội hình phalanx của người Macedonia, và hai bên cánh của lực lượng này, ông bố trí 60.000 quân gọi là Cardaces, cũng là bộ binh hạng nặng. Bởi vì nơi họ đóng quân chỉ đủ chỗ cho số lượng này trong một đội hình phalanx duy nhất. Ông cũng đặt 20.000 quân gần ngọn núi bên cánh trái, đối diện với cánh phải của Alexander. Một vài đơn vị trong số này còn nằm ở phía sau quân đội của Alexander; vì ngọn núi nơi họ đóng quân có một đoạn dốc lùi xa về phía sau, tạo thành một kiểu vịnh, giống như một vịnh biển, và sau đó uốn cong về phía trước, khiến những người được bố trí dưới chân núi lại rơi vào vị trí phía sau cánh phải của Alexander. Số đông còn lại gồm bộ binh nhẹ và bộ binh hạng nặng của Darius được dàn trận theo từng dân tộc với chiều sâu không còn hiệu quả tác chiến, xếp phía sau đội lính đánh thuê Hy Lạp và quân đội Ba Tư trong đội hình phalanx. Tổng số quân của Darius được cho là vào khoảng 600.000 chiến binh.

Khi Alexander tiến quân, ông nhận thấy mặt đất dần mở rộng, vì vậy ông điều các đơn vị kỵ binh, bao gồm cả những đội được gọi là Companions, kỵ binh Thessaly cũng như kỵ binh Macedonia, lên bố trí cùng ông ở cánh phải. Các đơn vị Peloponnesus và phần còn lại của lực lượng đồng minh Hy Lạp được ông phái đến cánh trái dưới quyền Parmenio. Khi Darius đã dàn xong đội hình phalanx, bằng một hiệu lệnh đã thống nhất trước, ông ra lệnh triệu hồi số kỵ binh đang đóng ở phía trước con sông, vốn được đặt ở đó chỉ với mục đích giúp dàn quân được dễ dàng. Hầu hết số kỵ binh này được ông đưa sang cánh phải gần phía biển, đối diện với Parmenio; vì nơi đó địa hình thích hợp hơn cho việc vận động kỵ binh. Một bộ phận khác được ông đưa lên phía ngọn núi bên trái. Nhưng khi thấy địa hình ở đó quá hẹp khiến họ không phát huy được tác dụng, ông ra lệnh cho hầu hết số quân này cũng phải di chuyển vòng sang cánh phải để nhập cùng đồng đội. Bản thân Darius chiếm giữ trung tâm toàn quân, vì theo phong tục của các vị vua Ba Tư, đây là vị trí dành cho họ, lý do của sự sắp đặt này đã được Xenophon, con trai của Gryllus, ghi chép lại.